К разработке самолета Як-40 в ОКБ А С Яковлева (в настоящее время авиационная корпорация "Яковлев") приступили в апреле 1965 г с целью замены на местных авиалиниях старых поршневых самолетов Ли-2, Ил-12 и Ил-14. Он стал первым в мире пассажирским реактивным самолетом для местных авиалиний.Летные испытания начались в октябре 1966 г. Серийное производство началось в 1968 г на авиационном заводе в Саратове. Этот самолет стал первым отечественным самолетом, получившим сертификаты летной годности Италии и ФРГ.

Первоначально самолет выпускался с взлетной массой 14,7 т и числом мест 27 Дальность полета составляла 710 км (с резервами топлива) Позднее приступили к выпуску улучшенного варианта с взлетной массой 16,1 т и числом мест 32. На этой модификации удалось увеличить дальность полета. Схема с прямым крылом и кормовой установкой трех двигателей, средний из которых оснащен реверсивным устройством. Возможен горизонтальный полет с одним из трех двигателей.

Пассажирские самолеты строились в различных вариантах, отличавшихся взлетной массой и нагрузкой. Кроме того, имеются следующие модификации:
Як-40ДТС - десантно-транспортный и санитарный вариант;
Як-40К - грузопассажирский вариант с максимальной коммерческой нагрузкой в чисто грузовой конфигурации 32О0 кг;
Як-40 "Калибровщик" - вариант для проверки работы наземных радиомаяков;
Як-40 "Аква", "Лирос", "Метео", "Фобос" и "Шторм" самолеты-метеолаборатории;
Як-40 - РЭО и Як-40-25 - летающие лаборатории для испытаний и проверки радиоэлектронного оборудования;
Як-40/М-602 - летающая лаборатория для испытаний чехословацкого двигателя М-602;
Як-40ТЛ предлагаемый вариант с двигателями Текстрон Лайкоминг LF507-1N (2Х31,1 кН, 2Х3180 кгс) и авионикой фирмы Рокуэлл Коллинз.
В 1992 г. начались переговоры с американской двигателестрои-тельной фирмой "Текстрон Лайкоминг" о создании варианта самолета Як-40Т1- с двумя ТРДД LF507.

Пилотажно-навигационное оборудование позволяет осуществлять полет днем и ночью, в простых и сложных метеоусловиях и включает автопилот АП-40, курсовую систему ГМК-1Г, авиагоризонт ЛГБ-ЗК, магнитный компас КИ-13, два автоматических радиокомпаса АРК-9, курсоглиссадную систему посадки СП-50, радиовысотомер малых высот РВ-ЗМ. В состав радиосвязного оборудования входят командные радиостанции "Перо-11 " (Р-860-11) или радиостанции "Ландыш-5" и "Балкан-5". Установлен метеолокатор "Гроза". Экспортные самолеты отличаются по составу пилотажно-навигационного и бытового оборудования.