В первой половине 1980-х годов, когда постепенно сворачивалось серийное производство самолетов DC-9 и увеличивались темпы выпуска самолетов типа MD-80, фирма "Макдоннелл-Дуглас" предложила авиакомпаниям проект самолета DC-9-90, который по своей вместимости должен был занять место между самолетами DC-9-30 и MD-80. Самолет DC-9-90 был рассчитан на перевозку 117 пассажиров на маршрутах протяженностью 2700 км.В результате экономического спада в начале 1980-х годов в США авиакомпании не проявили интереса к новому самолету, и фирма не смогла получить средства на его разработку. Только в 1991 г. фирма "Макдоннелл-Дуглас" вновь вернулась к идее создания 100-местного самолета, в конструкции которого могли использоваться узлы и агрегаты от самолетов DC-9 и MD-80. В это время интерес к самолетам такого класса стал возрастать, и ряд авиакомпаний обратил внимание на предложение фирмы.

В июне 1991 г. на авиационно-космической выставке в Париже фирма объявила о соглашении с КНР о совместной разработке и производстве 100-местного самолета MD-95. Однако в дальнейшем эта идея не получила своего развития. Тем не менее, в разработке самолета MD-95 принимают участие итальянская фирма "Аления" (фюзеляж), фирма "Бритиш Аэроспейс" (оперение), японская фирма "Синмейва" (пилоны двигателей), южнокорейская фирма "Халла" (крыло) и т.д. В феврале 1994 г. для самолета был выбран двигатель BMW/ "Роллс-Ройс" BR715. Летом 1994 г. совет директоров фирмы "Макдоннелл-Дуглас" дал согласие на начало маркетинга самолета MD-95. Интерес к самолету проявила скандинавская авиакомпания SAS, которая рассматривалась как первый крупный заказчик, пока она в 1995 г. не отдала предпочтение самолету Боинг 737-600. Только в октябре 1995 г. американская авиакомпания "Вэльюджет" заказала 50 самолетов (и еще 50 зарезервировала), что позволило, наконец, официально приступить к программе разработки. В настоящее время ведется постройка первого опытного самолета, летные испытания которого должны были начаться в апреле 1998 г. Сертификация запланирована на апрель-май 1999 г. с последующим началом поставок. Исследуется модификация MD-95-30ER с увеличенными взлетной массой (54,8 т) и запасом топлива (18170 л), что позволит увеличить дальность полета до 3700 км.

На самолете используются цифровой комплекс авионики VIA 2000, разработанный фирмой "Ханиуэлл", в состав которого входят шесть плоских жидкокристаллических цветных дисплеев, автоматическая система самолетовождения (FMS), инерциальная навигационная система и система предупреждения столкновений в полете TCAS.