Официально к разработке самолета фирма "Фоккер" приступила в конце ноября 1983 г. одновременно с началом проектирования турбовинтового самолета Фоккер 50. До этого фирма в течение трех лет изучала возможность дальнейшего развития пассажирского самолета F.28-4000 "Фэллоушип" с целью повышения экономичности. Оценив потребности рынка, фирма "Фоккер" пришла к выводу о необходимости разработки самолета в классе на 100 мест.При разработке нового самолета фирма поставила цель добиться заметного снижения расхода топлива по сравнению с другими аналогичными самолетами. Для нового самолета было спроектировано усовершенствованное крыло, в конструкции которого был использован высокоэффективный аэродинамический профиль, позволивший увеличить качество крыла в крейсерском полете.

Первоначально разрабатываемый самолет имел обозначение "Супер" F.28 и по своей схеме напоминал самолет F.28 "Фэллоушип". Некоторое время исследовался проект самолета F.29, у которого двигатели были размещены на пилонах под крылом. В конце концов было решено вернуться к компоновке с ТРДД в хвостовой части фюзеляжа, которая позволяла обеспечить все преимущества от нового крыла. Таким образом появился проект самолета Фоккер 100. К разработке его присоединились немецкая фирма "Дойче Аэроспейс" и английская фирма "Шорт". Летные испытания первого опытного самолета начались 30 ноября 1986 г. В конце ноября 1987 г. самолет был сертифицирован в Голландии, а в мае 1989 г. - в США по нормам FAA. Поставки начались в конце февраля 1988 г. Сертификация варианта самолета с ТРДД "Тэй" Mk.650 была завершена в июле 1989 г. На основе самолета Фоккер 100 был разработан 70-местный самолет Фоккер 70. Исследовался проект самолета Фоккер 130, рассчитанный на перевозку 116-137 пассажиров и отличавшийся от исходного самолета удлиненным фюзеляжем и использованием более мощных ТРДД Роллс-Ройс "Тэй". Авиакомпаниям также предлагался переоборудуемый грузопассажирский самолет Фоккер 100QC, который мог в грузовом варианте перевозить до 11 контейнеров LD3. За счет усиления конструкции он мог перевозить платную нагрузку массой 11,5 т.

Самолет оснащен цифровым комплексом авионики EFIS производства американской фирмы "Коллинз" с шестью цветными дисплеями для вывода информации о полете и работе бортовых систем и силовой установки. Имеется встроенная система диагностики состояния бортовых систем. Вся авионика соответствует стандарту ARINC 700.